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zenCELL owl Software

Die in der Software integrierten Bildverarbeitungsalgorithmen unterstützen die kontinuierlichen Langzeitüberwachungen und liefern schnelle und genaue Aussagen über den momentanen Zustand der zu beobachtenden Probe. Die Echtzeit-Datenanalyse liefert Informationen über die aktuelle Zellzahl und den Bedeckungsgrad der Substratoberfläche des Bildausschnitts mit Zellen. Ausgewertet werden die Gesamtzellzahl sowie die Anzahl der am Substrat angehefteten Zellen und die Anzahl der vom Substrat abgelösten Zellen. Starten Sie Ihr Projekt und erfassen Sie die Bilder Ihrer Zellkultur in Ihrer individuellen Frequenz, erstellen Sie ein Zeitraffer-Video oder exportieren Sie einen Datensatz für Ihre wissenschaftliche Arbeit.

 

Overview – Well View

Das Overview Fenster zeigt eine Übersicht aller vorhandenen Kameras.

Ihre vorgenommenen Gruppierungen sind mit einem farblichen Rahmen markiert.

Öffnen Sie das Well View Fenster durch einen einfachen Klick in das gewünschte Well.

Das Well View Fenster dient zur Detailansicht der einzelnen Wells.

Nehmen Sie Einstellungen sowie Bildexporte für das jeweilige Well vor.

Zeitraffervideo

Das Well History Fenster ist die Zusammenfassung des Experiments zum aktuellen Zeitpunkt.

Sehen Sie sich Ihr Zeitraffervideo an.

Lassen Sie sich die gewünschten Graphen, wie den Bewachsungsgrad, die Gesamtzellzahl, die angehefteten Zellen sowie die abgelösten Zellen anzeigen.

Exportieren Sie Ihre Messdaten in einer .csv Datei und/oder speichern Sie den ausgewählten Graphen oder das ausgewählte Bild als Bilddatei ab.

 

 

 

 

Custom Plot

Der Custom Plot ist eine Übersicht zum Vergleich der verschiedenen aufgenommenen Messkurven.

Wählen Sie die gewünschten Messkurven in Gruppierung und lassen Sie sich den Mittelwert der Messkurve anzeigen. Dies ermöglicht einen einfachen Vergleich verschiedener Messreihen in einem Versuch.

Schauen Sie sich die dazugehörige Standardabweichung an.

Wählen Sie die gewünschten Graphen. Zur Auswahl stehen Coverage, die Gesamtzellzahl, angeheftete Zellen sowie abgelöste Zellen.

Speichern Sie Ihren Custom Plot als Bilddatei und/ oder exportieren Sie ihn als .csv Datei.

 

 

 

Abb. 1

 

 

 

Abb. 2

Bedeckungsgrad Algorithmus

Der Algorithmus zur Bewachsung wird durch eine Prozentberechnung der „bewachsenen“ Fläche definiert. Dabei wird durch den Kontrast durch Zellwachstum und dem Hintergrund unterschieden. Die bewachsenen Flächen sind in Abb.2 grün markiert. Dabei ist festgelegt, dass keine höhere Bedeckung als 100% angegeben wird, da die Überlagerung von Zellen von dem Algorithmus nicht identifiziert wird.

  • Hierbei ist zu beachten, dass kleine Zellzwischenräume sowie Flächen über den Zellrändern hinaus teilweise zur bewachsenen Fläche dazu berechnet werden.

Adhärente Zellen und Abgelöste Zellen Algorithmus

Der Algorithmus zur Zellzählung wurde durch „deep learning“ initiiert. Definierte Zellen werden in der Abb.4 in rot oder blau eingefärbt. Dabei ist die Größe und Form der Zelle entscheidend, um sie in die Kategorie der adhärenten oder abgelösten Zellen einzuordnen.

 

    • Hierbei ist zu beachten, dass die Zellen nur aus einer Fokusebene in einer 2D Visualisierung gezählt werden. Sobald sich Zellen überlagern können die Zellschichten darüber oder darunter nicht mehr gezählt werden. Die Einstellung der Fokusebene durch den Autofokus oder manuell ist entscheidend für den Algorithmus.

 

 

 

 

 

Abb. 3

 

 

 

 

Abb. 4